Молекула действующего вещества может "ветвиться" и "закручиваться". От того, куда какая "ветка" направлена и в какую сторону "закручивается", могут меняться свойства.
Помимо этого, существует множество молекул с одинаковым набором атомов, но с разной структурой. Такие молекулы называют изомерами. Они по химическим свойствам ещё больше отличаются от нужных молекул.