>>/159683/
うちでも、開発途中版6で出たので調べてみました。
開発途中版3あたりでキャッシュ失敗（1.cmfvだけキャッシュ失敗したやつ）した動画をそのまま再度見ようとしたときにも、起きるようです。
挙動的には、

1. 1.cmfvがうまくキャッシュできる
2. キャッシュが完成したので、ディレクトリ名からnltmp_がなくなる
3. NicoCacheがnltmp_のディレクトリにアクセスしようとして例外が発生している（？）
4. NicoCacheからの応答が止まるので、動画プレイヤーがリトライを行うと、キャッシュ再生に切り替わって続きが再生される

のようです。
ちなみに、

1. 完成したキャッシュのディレクトリ名に「nltmp_」をつける
2. キャッシュディレクトリの「video/1.cmfv」を削除する
3. 該当動画を再生する

で再現してます。

なお、キャッシュとしては完成するようで、その後のキャッシュ再生は成功しています。