<>ディレクトリ型動画の存在を想定した仕様ではないため、仕様を一意に決めることが出来ないです。 
< すみません、ここどういう意味なのか分かりかねます。
旧仕様は動画が一つのバイナリーコンテンツで表せることを前提としている(flv,mp4,swfとか)。
複数のファイルからなる動画キャッシュ(hlsキャッシュ)を求められた時の振る舞いを決められない。
複数のファイルをいっぺんに配信したりダウンロードさせたりする仕様がhttpには無いから、このWebAPIには担わせられない。
といった意味合いでした。
※前提知識。hls動画は1〜3つのm3u8ファイルと複数の動画部分ファイル(ts,cmfv,cmfaなど)からなります。

< ・APIから得られた.m3u8をニコニコ動画プレイヤーに引き渡して再生させる（hlsになる前は実際にフィルタまとめで使用していました。） 
m3u8ファイルだけ渡しても関連ファイルが読めないから、単純な実装だと無理だと思います。

> # ローカルFLVサーバ機能 (true/false)
> #	flvplayer_wrapperのローカルFLVに必要な /cache/ フォルダの動作を行います
> #	/cache/.flv のアクセスに対してキャッシュを返すようになります
> #	trueで有効、falseで無効
> localFlv=true
とても古い。
フラッシュで実装されていた代替プレイヤーももう機能終了(end of life)しているから、仕様は好きに決めていいか。

m3u8を再生する場合は、その中に書かれているファイルにもアクセス出来るようなURL仕様になっている必要があります。
この要求がネックで旧仕様にはhls対応を追加出来ません。
キャッシュしているmaster.m3u8の中身だけ返してもいいけど、これが嬉しいシチュエーションは存在しないです。

例えば http://localhost/cache/sm9.hls がmaster.m3u8の中身を返し、それで動画を再生しようとした場合、中にかかれているパスに相対的にアクセスします。
だから例えば、自動的に次のようなURLへアクセスしようとします
http://localhost/cache/1/ts/playlist.m3u8
あるいは http://localhost/cache/video.m3u8

/cache/以下は既に絡まった仕様が存在するから、hlsをhlsのまま配信する仕様対応はしない。
< だからURLの選択肢で挙動が変わるのが理想的なのかも？ 
これの通り、mp4に変換して返すという処理を追加して、/cache/(smid)/auto/movie はそこへリダイレクトするというのが順当か。
ユーザーが求めるものこれだろうし。
ffmpegは必須。

< 0078
< フィルタまとめのcommon.js146行～169行目では
< https://www.nicovideo.jp/local/CustomCache/（smid）.hls/master.m3u8
< もしくは
< （smid）.mp4
< を返すようにしてニコニコ動画プレイヤーで上手く再生されてるけど何か違うのかな？ 
知らない仕様だ…
添付画像の部分のことだと思うけど、この部分って404判定されるのでは？
それにこのコードってhls動画は再生出来ないような。

順に書いてて気付いたが
> （hlsになる前は実際にフィルタまとめで使用していました。） 
これってそれの話か。

よく分からないからとりあえず考えているものを実装します。