>>/159821/
ok解決。
NicoCache起動時にffmpegのバージョンを表示する機能とかあると確認が簡単かもね。

 >>/159824/
>  https://www.nicovideo.jp/cache/sm9/auto/movie
> cacheがcomplete状態のときは拡張子も何もついてない英数字が羅列されたファイルの保存場所を聞かれます
仕様です。
https://www.nicovideo.jp/cache/file/nicocachenl_refcache=sm9//
というURLに転送されるためにブラウザによってはファイル名を決定出来ずに、ランダム生成の文字列がファイル名に選ばれます。
中身は動画キャッシュhlsのマスタープレイリストです。

この仕様を元にフィルタまとめ(test_nlFilters)の人に再生機能を作ってもらおうと思ってます。
ただこの仕様にしたために、nlFiltersのUserPageの「動画を新規ウィンドウに開いてローカル保存」がhlsマスタープレイリストに転送される挙動になっているから、単一ファイルのmp4動画が欲しいユーザーには今の仕様は不便です。
この不便さの解決策は、test_nlFiltersの人にキャッシュがhlsであった場合に、hls to mp4のURLに転送するように仕様を変更してもらおうかなと、こちらでは思ってます。

 >>/159825/
再現性があるかー。
もうちょっと調べます。

PATCHメソッド(http)が使われているからたぶんそれが原因です。
とりあえずの回避策としては、
pacファイルに追記してliveをNicoCache対象外にしてしまうこと。
  if ("live.nicovideo.jp" = host) { return "DIRECT";}
  if ("live2.nicovideo.jp" = host) { return "DIRECT";}
こちらでは症状再現が出来てないので、本当に上手く動くかはわかりませんが。
それにたぶんlive2.nicovideo.jpだけDIRECTにしておけば回避策として機能します。
添付ファイルに例をのせておきます。