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test_nlFilters.7zや他の拡張機能が入っているようですが、それらを入れずに、NicoCache_nl.7zを展開しただけの状態で動作させた場合はどうですか。
config.propertiesにport番号だけ書いて（あるいは8080で使ってるなら、config.propertiesもなしで）NicoCache_nl.bat を起動させてみてください。

> NicoCache_nl version 2024-09-06
> Running with Java 17.0.12(amd64) on Windows 10
> https://www.nicovideo.jp/local/url_injection_sys.js にアクセスした場合、うｐしたテストファイルのような文字が表示されました。
これらは期待通りで正常でした。

> 「エラーが発生しました　リロードすることで回復する可能性があります」
そうか。このエラーはコンソール(dos窓)じゃなくてブラウザのプレイヤーに出てたのか。

動画コントロールの歯車マーク(⚙, 設定)ボタン　→　プレイヤー設定欄の一番下の「システムメッセージを表示」　→　「コピー」　で動画再生に関するログが得られます。
このログにはニコニコ動画のユーザーIDが含まれるので気をつけて下さい。
ここにはどういったエラーがありますか。

> failed to process: http://www.smilevideo.jp/view/(動画ID:数字） 
> java.net.ConnectException: Connection timed out: connect 
レス文に含まれるこれらのエラーがどれもこれもhttpsじゃなくてhttpで出ていて、これが不可解です。
それに現在のニコ動はsmilevideo.jpを見に行かないはず。
タイムアウトはNicoCache側の原因ではなくサーバーが実際に応答しないためです。

今のニコニコ動画はhttpsが強制されています。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm9 [Embed]
例えばこういったhttpのページへアクセスしても、httpsへ強制的に移動させられてしまいます。
このurlを開き、ページが表示された後に、もう一度URLを見てみてください。それはhttpsで始まっていますか？

httpsページからhttpへの通信はブラウザがブロックします。
だから普通の動画ページを開いたり、検索ページを開いたりしただけで、NicoCacheがhttp通信を捕捉するのは不可解です。

- nlFilterかextensionの中に古い拡張が残っている可能性が高いです。
- あるいはhttpに留まるような、リダイレクトを拒否するような、https通信をhttp通信にするような、特殊なブラウザaddonが動いている可能性があります。

> 後半は多分タイトル名だとは思いますが…… 
パーセントエンコーディングというそのままの名前の表現です。
今回は重要じゃない。

> 最後に起動したバージョンは事件前の最新version差分です。
> その後全ファイルを消し、再度１からインストール手順をやり直したうえで開発版を入れています。
今年6月のランサムウェアクラッキング。
事件前用NicoCacheと事件後用NicoCacheは動作ロジックを変えただけで外部ライブラリの依存関係を変えたわけではないので、さらに不可解です。
ログにあった「パッケージjavax.cryptoは存在しません」のjavax.cryptoは事件前から参照しています。
手順を追って再インストールしてるならその過程で何か不必要なものが入っているかも知れません。

> ほぼ個別対応になってしまって・・。
こっちの時間が取れなくなったら応答が鈍くなると思います。