В "Матрице" недвусмысленно намекнули что пациент практиковал депривацию сна и читал ночами форум по прохановщине с какими-то поехавшими постояльцами качающими кармочку как не в себя - Морфеусом и Тринити. 
Потом задремал и его унесло нахуй в сон где он стал супер-героем, прыгающим по зданиям и останавливающим пули.
Плюс Архитектор [центральный мозг] сам говорил Нео, что он - уёбок и его мир нереален. Потом он стал упарывать героин по вене [иглотерапия и порты в теле] и помер в мире микробов [Город Машин]. При этом прошёл канализацию, Адъ по философии [ЖКТ] и медные трубы.