Первые открытые стычки ЛГБТ-людей с полицией были отмечены ещё в 1959 году. В 1966 году полиция прибыла в Кафе Комптона, чтобы арестовать мужчин за ношение одежды противоположного пола. Локальный конфликт очень быстро перерос в открытое противостояние с хозяевами кафе. Друзья арестованных устроили в кафе настоящий погром. В расход шло все: от тарелок и чашек, до зеркал и окон. На следующую ночь, когда хозяева кафе вставили разбитые окна и зеркала, погром повторился с ещё большей силой. Кафе было практически «стёрто с лица земли» И так продолжалось до тех пор, пока арестованных не отпустили. Считается, что этот конфликт ознаменовал собой начало трансгендерного движения в Сан-Франциско.
В субботу 28 июня 1969 года, в 1 час 20 минут ночи, четверо полицейских в штатском, два патрульных полицейских в униформе, а также детектив Чарльз Смит и заместитель инспектора Сеймур Пайн со словами: «Полицейская проверка!» вошли в бар «Стоунволл-инн» До этого четверо полицейских под прикрытием весь вечер провели в баре, собирая доказательства «непристойного поведения» его клиентов. Оказавшись внутри, полицейские вызвали по телефону подкрепление из шестого участка. По приказу полиции владельцы бара отключили музыку и включили свет. В тот вечер в баре находилось около 200 человек. Клиенты, попавшие под полицейскую облаву и сбитые с толку, попытались скрыться из бара через окна в туалете, однако полиция перекрыла все выходы. Участник тех событий Майкл Фейдер вспоминал: «Все произошло так быстро, что многие просто не успели понять, что произошло. Вдруг, из ниоткуда, появились полицейские, и нам сказали, чтобы все выстроились в шеренгу, приготовились предъявить документы и выйти из бара на улицу».
Облава должна была пройти по стандартной схеме: необходимо было выстроить всех посетителей в шеренгу, проверить их документы, а также проверить настоящий пол клиентов, одетых в женскую одежду, и, если те мужчины, то арестовать их. Среди клиентов были обнаружены мужчины, переодетые в женщин. Однако они отказались ехать в полицейский участок. Вместе с этим мужчины отказались предъявлять свои документы. Полиция решила арестовать всех присутствующих и отдельно поместила трансвеститов в заднюю комнату бара. Трансгендер Мария Риттер, по документам Стив Риттер (мужского пола), вспоминала: «Больше всего я боялась, что меня арестуют. И ещё боялась того, что моё фото в платье моей матери будет опубликовано в газете!» Полицейские постоянно оскорбляли клиентов бара, обстановка постепенно накалялась.
Полиция конфисковала весь алкоголь. В общей сложности было изъято 28 ящиков пива и 19 бутылок крепких спиртных напитков. Клиентов, которых не арестовали, выпроводили из бара через переднюю дверь. Однако в ту ночь они не разошлись по домам, как это обычно бывало раньше. Вместо этого они стали собираться на улице перед входом в бар, так что постепенно выросла толпа. В течение нескольких минут около бара собралось около 150 человек.
Когда прибыл первый автозак, инспектор Пайн напомнил, что те, кто находится в толпе, легко могут быть арестованы, поэтому поначалу все они стояли очень тихо. Первыми, под возгласы зевак, стали «грузить» хозяев бара. За ними стали выводить сотрудников бара, которые кричали в толпу лозунги: «Gay power!» (с англ. — «Гей-сила») и «We Shall Overcome!» (с англ. — «Преодолеем!»). Настроение в толпе, реагировавшей поначалу нейтрально, постепенно стало переходить во враждебное.